Mała sygnaturka z 1700r. na szczycie wschodniej fasady

Świątynia była kilkakrotnie opuszczana i lekko niszczona w wyniku katastrof (1748 wybuch pobliskiej Baszty Prochowej) i działań wojennych (wojna siedmioletnia 1756-1763, gdy przekształcono go na magazyn zboża; 1945), jednak nie poniosła zbyt dużych strat i barokowy wystrój oraz wyposażenie przetrwały do dziś.

W XIX wieku, a zwłaszcza w okresie 1879 – 1893 przebudowano większość barokowych ołtarzy kaplic bocznych (zachowując pierwotne elementy) m.in. zaopatrując je w nowo namalowane obrazy ołtarzowe. Jedynie w kilku ołtarzach zostały obrazy z XVII lub XVIII wieku. Powstała też wtedy gipsowa kopia Piety Michała Anioła. W 1926 zbudowano w oryginalnej, XVIII-wiecznej szafie organowej nowe organy, wykonane w pracowni organmistrzowskiej Wilhelma Sauera z Frankfurtu nad Odrą, które użytkowane są jako instrument liturgiczny i koncertowy.

W kwietniu 1945 trafiły do niego najcenniejsze zabytki sztuki sakralnej z innych wrocławskich kościołów. Z oblężenia Festung Breslau w 1945 wyszedł z około dziesięcioprocentowymi zniszczeniami.

Po wojnie, po dokonaniu wstępnych prac zabezpieczających, we wrześniu 1946 przekazano go na potrzeby duszpasterstwa akademickiego.