W prezbiterium główny ołtarz ze stiuku został wykonany w roku 1785 (pierwotny ołtarz z lat 1602 - 1614, do którego obrazy malował Wenecjanin Domenico Tintoretto, przekazano do Tarnogrodu w 1783 roku).
W ołtarzu tym umieszczono obraz św. Tomasza - świadka Zmartwychwstania Pańskiego. Na ścianach prezbiterium są duże obrazy, przedstawiające sceny z życia św. Tomasza Ap. (malowane około 1627 roku przez Jana Kasińskiego, ucznia Tomasza Dolabelli). Założyciel miasta i fundator Kolegiaty sprowadził dla świątyni relikwie św. Tomasza Apostoła - patrona rodu, miasta i kościoła - oraz najcenniejszą relikwię: rąbek szaty (Velum peplum) Najświętszej Maryi Panny z kościoła św. Anastazji w Rzymie (dokument Kurii Rzymskiej potwierdzający jej pochodzenie, z 20 stycznia 1595, zachowany do dziś).
dodane na fotoforum: