W latach 1736-1737 zbudowano i ustawiono w kościele okazały barokowy ołtarz główny, w którym są rzeźby dłuta Jana Chrystiana Schmidta z warmińskiego Reszla. Ołtarz jest dwukondygnacyjny. Każdą kondygnację wypełnia rząd kolumn, pomiędzy którymi ustawione są posągi świętych i apostołów. Pośrodku drugiej kondygnacji znajduje się figura Chrystusa. Na wierzchołku ołtarza umieszczono figury jego fundatorki, kasztelanowej mścisławskiej Konstancji z Jundziłłów Łazowej i aniołów. Całość wieńczy umieszczona centralnie promienista gloria. Ołtarz i zdobiące go rzeźby wykonane są z drewna.

W latach 1750–1752 kościół przebudowano i ozdobiono na nowo jego wnętrze; zbudowano ambonę i wykonano 14 fresków przedstawiających sceny z życia patrona kościoła, św. Franciszka Ksawerego. W 1761 gdański złotnik Chrystian van Hausen wykonał srebrne ramy dla obrazu Matki Boskiej Studenckiej. W 1765 ukończona została kopuła na skrzyżowaniu naw i prawdopodobnie hełmy wież. W 1768 w niszach fasady ustawiono figury św. Franciszka Ksawerego, św. Piotra i św. Pawła.

W listopadzie 1774 jezuitom ogłoszono brewe kasacyjne Dominus ac Redemptor wydane przez papieża Klemensa XIV. W 1782 ich kościół stał się kościołem farnym. Kościół i zabudowania klasztorne przejęła Komisja Edukacji Narodowej.

dodane na fotoforum:

• wnętrza