W 1882 roku zburzono od strony zachodniej ganek z czasów Iwana Mazepy, zastępując go stylizacją neobizantyjską.
W 1921 r. w soborze wszechukraiński sobór wyświęcił protoprezbitera Wasyla Lypkiwśkoho na Metropolitę kijowskiego i całej Ukrainy, głowę nowo utworzonego niekanonicznego Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Tego samego roku Narodowa Akademia Nauk Ukrainy utworzyła Komisję ds. cerkwi Mądrości Bożej, w celu ratowania soboru przed zniszczeniem przez władze, w ramach regularnej akcji ateizacji ZSRR. W 1934 r. w ramach akcji zamykania i burzenia świątyń w stolicy Ukrainy, cały zespół klasztorny Mądrości Bożej, razem z drugim głównym monasterem miasta, Ławrą pieczerską, zamieniono w muzeum. Rząd komunistyczny zakazał sprawowania liturgii w soborze