Krościenko nad Dunajcem uzyskało prawa miejskie w 1348 roku jako Crosno, z nadania króla Kazimierza III Wielkiego. Kościół został wzniesiony z łamanego kamienia w I połowie XIV wieku. Istniał już w 1350 roku, choć był znacznie przesunięty (względem dzisiejszego kościoła) w kierunku Dunajca i nie posiadał wieży. Prawdopodobnie w wyniku podmycia przez rzekę część pierwotnego prezbiterium osunęła się w pierwszej połowie XVI wieku. W 1546 roku kościół został powiększony o obecną nawę (obecne prezbiterium jest częścią dawnej nawy), a w XVII wieku dobudowano wieżę. Polichromia w nawie została wykonana w 1589 roku przez Jakuba Koraba z Nowego Targu. W 1755 roku – po kolejnej powodzi – proboszcz Jan Szyguliński podjął decyzję o rozebraniu części starego prezbiterium. Było to prawdopodobnie spowodowane obawą o kolejne osunięcie tej części kościoła oraz przykościelnego cmentarza, który wtedy znajdował się wzdłuż dawnej nawy głównej oraz z tyłu za prezbiterium kościoła. Równocześnie drewniany strop przebudowano na murowane sklepienie krzyżowe. Cmentarz znajdował się tu przynajmniej od 1518 roku, kiedy to miejscowy wójt ofiarował teren między cmentarzem a Dunajcem na budowę plebanii. W 1590 roku kościół i cmentarz były otoczone murem. Istniała wtedy również kostnica, gromadząca kości parafian.