Skałki Twardowskiego to północna część zrębu, zbudowanego z wapieni jurajskich, obciętego wyraźnymi liniami uskoków, co jest doskonale widoczne od strony koryta Wisły. Obniżenia między zrębami tworzą rowy tektoniczne, a wypełnione są osadami morza trzeciorzędowego. Obniżenia tych rowów zapełniają małe potoczki, na przykład potok Ruczaj.

Ponadto widoczne są także liczne formy krasowe, głównie w postaci lejów o głębokości od 1 do 2 metrów. Są one pokryte zwietrzeliną oraz roślinnością trawiastą. Na nagich skałach wapiennych da się zauważyć żłobki i żebra krasowe.