Skałki Twardowskiego położone są w północnej części wzgórza zrębowego Krzemionek Zakrzowskich na Zakrzówku w dzielnicy VIII Krakowa. Leżą na terenie zapadliska przedkarpackiego, utworzonego w epoce trzeciorzędu u stóp formujących się wówczas Karpat fliszowych, a więc należą do regionu podkarpackiego.
Teren leży na wschodnim skraju Bielańsko-Tynieckiego Parku Krajobrazowego i należy do krajobrazów prawnie chronionych.